Según la tradición, en el año 1214 el propio San Francisco de Asís, acompañado de San Antonio de Padua se encontraba peregrinando a Compostela por Astorga y Lugo, siguiendo la antigua Vía Romana XIX. En su viaje, decidió fundar el primer convento franciscano que serviría de modelo para los demás templos que se fundaron de la Orden en Galicia.
Ante las discrepancias e incongruencias de esta hipótesis fundacional, la fecha fundacional considerada correcta es el año 1229, cuando se edificó sobre un montículo situado en los extramuros de la primitiva muralla medieval de la ciudad de Pontevedra un convento en el lugar donde se alzaba la antigua fortaleza del duque de Sotomayor, quién cedió los terrenos a la orden franciscana en la búsqueda de la salvación de su alma en un contexto en el cual la peste bubónica asolaba Europa
Estilísticamente, su iglesia presenta un estilo gótico tardío de una nave con planta de cruz latina, crucero y cabecera con tres ábsides poligonales de gran esbeltez y con finas y largas vidrieras. Destaca en su fachada un gran rosetón que se abre sobre la Plaza da Ferrería y que permite la entrada de la luz en el interior del templo.
Su historia ha estado marcada por varios misterios y milagros, siendo uno de los más famosos el de las golondrinas. Según se narra, un gran número de golondrinas acudían al templo para anidar y resguardarse de las incidencias del clima. El continuo revoloteo de las aves en el interior del templo, en combinación con sus contínuos cantos y desechos que caían desde las alturas y ensuciaban el altar hacían imposible el rezo y la oración en calma que anhelaban los frailes.
Ante esto, fray Juan de Navarrete oró y pidió a Dios para que las golondrinas abandonaran los límites de su sagrada iglesia y poder honrar su gloria en paz y silencio sin interrupciones. Sus oraciones parece ser que surgieron efecto, pues las golondrinas fueron paulatinamente abandonando el interior de la iglesia sin regresar a ella a pesar de que se dejaran los ventanales o puertas abiertas.
Junto a este milagro, tenemos el gran misterio del túnel subterráneo que pudo haber sido utilizado por los familiares del pirata Benito Soto para transportar su tesoro desde el interior del Convento de San Francisco hasta el Convento de Santa Clara, donde permanece enterrado hasta nuestros días.
Muchas son las lenguas que han especulado sobre el auténtico origen e incluso existencia de este túnel, pues si bien pudo ser la vía de escape secreta del recinto amurallado de la ciudad en caso de asedio, también ha habido partidarios de considerarlo la forma en la que los frailes de San Francisco y monjas de Santa Clara podían verse sin miradas ajenas que cuestionaran sus intenciones.
Sea como fuere, son varias las personas que han notificado la existencia de este túnel cuyo pasaje permanece oculto a simple vista, pero que en la actualidad debido a las obras del ensanche de la ciudad se haya derruido y se desconoce su fin.
